对于英脱欧，首先会受到影响的是跨境电商的物流供应链。因为电子商务的运营基本上都会受供应链和全球物流的支配，英国脱欧将意味着贸易壁垒的变化，这会对物流公司产生重大的新关税和收费的限制，给其带来新的成本，包括通关延误的风险、供应链的中断等。
若英国脱欧成功，英国与欧盟之间将不再享受自由贸易，退欧后英国进出口商品的关税都将提高，英国及其他欧盟国家的消费者互相网购时，多交的关税可能达2%-15%。
除了对关税的影响外，英脱欧还会影响到跨境电商以下三大成本：
第一，增值税成本。英脱欧后“远程销售”的制度或将不再适用
远程销售指的是从一个欧盟国家销售商品给另一个欧盟国家的卖家，在一定限额内，无需注册多国VAT，仅需要在库存国/地区注册以及申报税务即可。因目前很多卖家都是把库存放置在英国，通过远程销售至欧盟其他四个站点，同时利用英国FLAT RATE低税率7.5%申报，从而来控制成本。所以一旦英国脱欧无新协议出台，跨境电商将在税务版块付出高额的成本。
第二，欧盟与英国间的通关成本。
英脱欧后，跨境电商在英国和欧洲其他国家的双向进出皆需申报。英国至欧盟或欧盟至英国清关要分别申请英国和欧盟的EORI（EORI号可能不再通用），同时双向进出需要多次进出口申报，这将导致清关成本增加。
第三，货物清关成本，清关方式选择将会变窄。
欧盟和英国在贸易上作为两个独立的区域，从欧盟其他国家入境的货物再转派送到英国，或者在英国清关再转派送到欧洲其他国家的通关方式不再有优势，因为进出均需要进出口申报，这也会使进出口申报成本增加。
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